歐洲聯盟（以下簡稱歐盟）為推廣全球歐盟研究並促進與各國學術界和公民社會之交流合作，自1998年起在全球先進工業國家擇重要學府設立「歐洲聯盟頂尖中心」。歐盟首先在美國設立該中心，然後逐步擴展至加拿大和紐澳，並於2004年在日本東京成立第一個亞洲的歐盟中心。目前，全世界共有32個歐盟中心，其中10個在美國、5個在加拿大、日本及韓國各有4個、澳洲及俄羅斯則各有3個，而紐西蘭、新加坡及臺灣各有1個， 形成一個全球性的歐盟研究網絡。各個中心儘管名稱稍異，但均受歐盟官方委任，為該國社會和學界與歐盟交流合作的平台，彼此之間更串連形成了全球和區域性的歐盟研究社群。
歐洲執委會（以下簡稱執委會）於2008年元月決定在臺灣籌設歐盟中心後，臺灣大學隨即成立「爭取籌設委員會」，並經李嗣涔校長、包宗和副校長及沈冬國際長積極奔走，於同年9月2日與政治大學、中興大學、輔仁大學、淡江大學、中山大學和東華大學等六校締約結盟，成立「以臺大為首之大學聯盟」，向歐盟正式提出合作計畫，並獲同意。臺大遂與執委會於2008年12月31日正式完成簽約換文，並於2009年1月13日校務會議通過臺灣歐盟中心設置要點。2009至2012年中心總預算為155萬歐元，其中110萬歐元由執委會挹注，45萬歐元由結盟各校按比例負擔。依據協議及設置要點，臺灣歐盟中心設於臺大，其它各校則成立聯繫合作單位；中心設指導委員會，為最高權力機構，由臺大校長任主席，另設諮詢委員會，專司對中心整體運作提供具體意見。中心設主任一職，對外代表中心，對內總攬行政，並設二位副主任及執行長一人，秉主任之意，管理中心運作以及執行策劃各項活動；下設秘書處，計有副執行長一人、幹事一人及若干兼職人員。首任主任為包宗和教授，現任主任為蘇宏達教授，副主任為連弘宜教授及劉好迪((Adrian Rauchfleisch)副教授，執行長為鄭家慶先生，副執行長為白綺萍女士。

2008年：

1月：臺大正式成立「爭取設立臺灣歐盟中心籌備委員會」。
9月2日: 成立「以臺大為首之大學聯盟」。
12月31日: 歐盟執委會與國立臺灣大學正式簽約換文。

2009年：

4 月15日: 在國立臺灣大學成立臺灣歐盟中心秘書處。
5 月22日: 臺灣歐盟中心開幕儀式。

LOGO的誕生與由來

中心的logo是由「互」這字演變而成，可以解釋為互助、互信、互愛…
臺灣由互包圍並由代表熱情的紅色、和平的綠色、開朗的橘色、魅力的紫色串連，
最後由代表歐盟的星型與臺灣歐洲聯盟中心共同環繞著，下方明顯標示著臺灣歐洲聯盟中心的英文縮寫。